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Die 'Hacienda-Affäre' betrifft Dutzende privat genutzte Villen, die mit EU-Geldern subventioniert wurden.
Diese Gelder waren ursprünglich für nachhaltigen Tourismus in ländlichen Gebieten der Slowakei vorgesehen.
Knapp 200.000 Euro flossen in die 'Villa Amonra', die nie als Gasthaus betrieben wurde.
In mehr als 70 Fällen wird wegen möglicher Korruption und Missbrauchs von EU-Geldern ermittelt.
Das Europäische Amt für Betrugsbekämpfung OLAF und die Europäische Staatsanwaltschaft sind in die Ermittlungen involviert.
Die Villa Amonra gehört einem Unternehmer, der der Regierungspartei Smer und Premier Robert Fico nahe steht.
Das Pensionsförderprogramm wurde vor zehn Jahren unter Premier Fico aufgelegt.
Die Anti-Korruptionsstiftung hat Klagen gegen das Vorgehen eingereicht, sowohl in der Slowakei als auch in Brüssel.
"Die Debatte über die Hacienda-Affäre im EU-Parlament könnte zu Druck führen, Fördergelder einzufrieren, um Missbrauch zu verhindern. Die Slowakei könnte aufgrund der Tatsache, dass Aufklärung oft scheitert und Einschüchterungen stattfinden, unter verstärkter Beobachtung stehen."